מינהל הספורט מממן את התכניות המקצועיות של הספורטאים המצטיינים בכל ענפי הספורט.
במדינת ישראל פועלים קרוב ל- 70 איגודי ספורט, מתוכם כ- 30 ענפים אולימפיים והיתר ענפים לא אולימפיים ופר אולימפיים.
איגודי הספורט האולימפיים חוסים תחת הוועד האולימפי הישראלי ואילו הענפים הלא אולימפיים מאוגדים באיל"ת (התאחדות ישראלית לספורט תחרותי לא אולימפי).
מינהל הספורט מעודד את איגודי הספורט להגדיל את מספר החברים בכל איגוד ואיגוד. ובמקביל פועל לתמרוץ האיגודים להגיע עם ספורטאיו להישגים בינ"ל באליפויות אירופה ועולם.
תחום הספורט ההישגי במינהל הספורט, פועל בשיתוף היחידה לספורט הישגי במכון וינגייט ולוועד האולימפי. במסגרת זו, פועלת גם המחלקה לספורט תחרותי, שאחראית לאישור ספורטאים מצטיינים בצה"ל. הספורטאים המצטיינים זוכים לליווי שוטף של המחלקה לספורט תחרותי במשך כל זמן שירותם הצבאי. בנוסף, היחידה אחראית על לאבטחת משלחות ספורטאים לחו"ל.
אחת מספינות הדגל של מינהל הספורט, היא קידום ספורט הנשים. כיום פועלת מועצה ציבורית לספורט נשים, שעוסקת בהרחבת תשתית הספורטאיות בישראל ושינוי עמדות הציבור לגבי ספורט נשים.