המינהל מופקד על תפעול המשרד מבחינת מינהל ומשאבי אנוש במסגרת המדיניות וההוראות הקיימות בתקנון שירות המדינה, הוראות נציב שירות המדינה, תקנות כספים ומשק (תכ"מ) הוראות החשב הכללי ונוהלי המשרד.